หลังปี ค.ศ. 1858 คิโดะได้มาประจำอยู่ที่เรือนพำนักของแคว้นโชชูในเอโดะ ทำหน้าที่ในฐานะผู้ประสานงานระหว่างคณะผู้บริหารแคว้นกับกลุ่มซามูไรหัวรุนแรงชั้นผู้น้อยในแคว้นโชชูซึ่งสนับนุนแนวคิดซนโนโจอิ เมื่อถูกทางรัฐบาลโชกุนสงสัยในความสัมพันธ์ที่มีต่อกลุ่มซามูไรแห่งแคว้นมิโตะซึ่งภักดีต่อองค์พระจักรพรรดิหลังเกิดเหตุการณ์พยายามลอบสังหารอันโด โนบูมาซะ เขาจึงถูกย้ายให้ไปประจำที่กรุงเกียวโต อย่างไรก็ตาม ในขณะที่อยู่เกียวโตนั้นเขาไม่สามารถยับยั้งการยึดอำนาจโดยกองกำลังของแคว้นไอซุและแคว้นซัตสึมะในวันที่ 30 กันยายน ค.ศ. 1863 ได้ ซึ่งเหตุการณ์ดังกล่าวได้ส่งผลให้กองกำลังของแคว้นโชชูต้องถูกขับออกจากพระนครหลวงไป คิโดะได้เข้าไปเกี่ยวข้องกับแผนการพยายามทวงอำนาจคืนของแคว้นโชชูในวันที่ 20 สิงหาคม ค.ศ. 1864 แต่ล้มเหลว ทำให้เขาจำต้องหนีไปซ่อนตัวโดยความช่วยเหลือของเกอิชาชื่อ "อิกูมัตสึ" ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นภรรยาของเขา

ภายหลังเมื่องกลุ่มซามูไรหัวรุนแรงภายใต้การนำของทากาซูงิ ชินซากุ สามารถควบคุมอำนาจทางการเมืองในแคว้นโชชูได้ คิโดะได้กลายเป็นตัวจักรสำคัญในการสร้างพันธมิตรซัตโจระหว่างแคว้นโชชูกับแคว้นซัตสึมะ อันเป็นการยกระดับความขัดแย้งจนนำไปสู่สงครามโบะชิงและการปฏิรูปเมจิตามลำดับ